O Exército Popular Iugoslavo deixou oficialmente a Bósnia e Herzegovina em 12 de maio de 1992, pouco após que a independência foi declarada em Abril de 1992. No entanto, a maior parte da cadeia de comando, armamento e altos militares, incluindo o general Ratko Mladic, permaneceram na Bósnia-Herzegovina no Exército da República Srpska. Os croatas organizaram uma formação militar defensiva própria chamada Conselho de Defesa Croata como as forças armadas da auto-proclamada Herzeg-Bósnia. A maioria dos bósnios organizaram o Exército da República da Bósnia e Herzegovina. Esse exército tinha um grande número de não bósnios (cerca de 25%), especialmente no 1ª Corpo de Sarajevo. O vice-comandante do Quartel-General do Exército Bósnio foi o general Jovan Divjak, a mais alta hierarquia de etnia sérvia no exército bósnio. O General Stjepan Siber, de etnia croata foi o segundo vice-comandante. O Presidente Alija Izetbegović também nomeou o coronel Blaž Kraljević, comandante das Forças de Defesa Croata na Herzegovina, como um membro do Quartel do Exército bósnio, sete dias antes do assassinato de Kraljević, a fim de montar uma Frente multi-étnica de Defesa bósnia.
Várias unidades paramilitares operavam na guerra da Bósnia: as sérvias "Águias Brancas", "Tigres de Arkan", "Voluntários da Guarda Sérvia"; as bósnias "Liga Patriótica" e os "Boinas Verdes" e as croatas "Forças de Defesa Croata". Os paramilitares sérvios e croatas que participaram voluntariamente foram apoiados por partidos políticos nacionalistas da Sérvia e Croácia. Existem alegações sobre o envolvimento da polícia secreta sérvia e croata no conflito.
Os bósnios receberam apoio de grupos islâmicos vulgarmente conhecidos como "guerreiros santos" (Mujahideen). Segundo alguns relatos de ONGs americanas, houve também várias centenas de Guardas Revolucionários Iranianos ajudando o governo bósnio durante a guerra.
No início da guerra da Bósnia, as forças servo-bósnias atacaram a população civil muçulmana no leste da Bósnia. Uma vez que as cidades e aldeias estavam firmemente em suas mãos, as forças sérvias - militares, policiais, paramilitares e, por vezes, os moradores sérvios - aplicou o mesmo padrão: casas e apartamentos foram sistematicamente saqueados ou queimados, os civis foram caçados ou capturados, e algumas vezes espancados ou mortos durante o processo. Homens e mulheres foram separados, com muitos dos homens detidos nos campos. As mulheres foram mantidas em diversos centros de detenção onde tiveram que viver em condições higiênicas intoleráveis, onde eram maltratadas em muitos aspectos, inclusive sendo violentadas repetidamente. Soldados ou policiais sérvios viriam a estes centros de detenção, selecionar uma ou mais mulheres, tirá-las e estuprá-las. Os sérvios tinham superioridade devido ao armamento pesado (apesar de menos recursos humanos) que lhes foi dado pelo antigo Exército Popular Iugoslavo e de controles estabelecidos na maioria das áreas onde os sérvios tinham maioria relativa, mas também em áreas onde era uma minoria significativa em regiões urbanas e rurais, excluindo grandes cidades como Sarajevo e Mostar. Os líderes militares e políticos sérvios receberam a maioria das denúncias de crimes de guerra no Tribunal Penal Internacional para a ex-Iugoslávia, muitos dos quais foram condenados após a guerra nos julgamentos.
A maior parte da capital Sarajevo esteve predominantemente em mãos bósnias, embora o governo oficial da República da Bósnia e Herzegovina continuou a funcionar na sua com relativa composição multiétnica. Nos 44 meses do cerco, o terror contra Sarajevo e seus moradores variaram em sua intensidade, mas o propósito sempre foi o mesmo: infligir o maior sofrimento possível aos civis a fim de forçar as autoridades bósnias a aceitar as exigências sérvias. O Exército da República Srpska cercou a cidade (alternativamente, as forças sérvias situam-se nos arredores de Sarajevo o chamado "Anel ao redor de Sarajevo"), colocando tropas e artilharia nas colinas circundantes, que se tornaria o mais longo cerco da história da guerra moderna, que durou quase quatro anos.
Inúmeros acordos de cessar-fogo foram assinados, e violados novamente quando um dos lados sentiam se em desvantagem. As Nações Unidas repetidamente, mas sem sucesso, tentou parar a guerra e o muito elogiado Plano de Paz Vance-Owen teve pouco impacto.